人類在資源枯竭與人口壓力下展開太空殖民,進入新星紀元(Nova Era)。十三座宇宙殖民地陸續建成,象徵人類邁向宇宙時代的希望。然而,地球圈對殖民地的資源掠奪與政治打壓,激起了長期的不滿與反抗。
在 N.E.114 年,第七號殖民地「米爾頓公國」領導反叛,結合其他殖民地組成「米爾頓聯邦」,展開全面獨立戰爭。他們甚至將整座殖民地當作武器拋向地球,摧毀宇宙電梯「巴別塔」與南太平洋基地,造成慘烈災難,宣告「米爾頓戰爭」正式爆發。
這場戰爭席捲整個地球圈與宇宙殖民地,地球多地遭佔領,太空宙域戰火蔓延。無數家庭離散,難民潮四起,宇宙再度成為戰場。在戰爭最終的一年,兩位年輕的駕駛員──羅伊與丹,乘著最後的希望挺身而出,改變戰局,將戰火導向終止。
在 N.E.120 年,戰爭於第一座宇宙殖民地「拉格朗號」畫下句點,簽署停戰協議。然而,這場戰爭所留下的創傷,深深烙印在宇宙與人心之中,也改寫了整個新星紀元的歷史。