第一部：序-3章主角（開拓者女性，名字：小穹）一行人受到神秘的指引抵達一個未知的星系，一個嶄新又帶點危險的全新冒險就此開始

第二部：4-5章星穹列車被一股未知力量強行拽入吞噬光線的梅里底亞奇異點。這片異常的空間非但不是預期中的黑洞深淵，反而將小穹帶入一個名為「始源」、承載平行世界記憶的神秘之地，並遇見了揭示宇宙危機「混沌」蔓延的管理者Z。他們被捲入了遠超想像的宏大敘事，一場關於記憶、命運與未知威脅的全新旅途，由此展開。

第三部分：6~？章被梅里底亞奇異點的引力吞噬後，星穹列車並未墜入黑洞的深淵，而是詭異地停靠在一片空無一人的匹諾康尼。這個熟悉卻死寂的世界，竟是某人記憶所構築的場景。在這裡，開拓者一行不僅遭遇了由神秘白髮少女創造的異型軍隊和對「傳送門」的爭奪，更被迫與化為敵對幻影的熟悉身影交戰。在來自未知力量的戒指指引下，開拓者與寄宿其中的神龍王並肩作戰，試圖在這個充滿危險記憶和扭曲現實的舞台上殺出一條生路，揭開這個詭異空間與黑洞之謎。

藥師兜在第四次忍界大戰後將部分力量與記憶傳送到提瓦特大陸並附身於一個少年，甦醒後意外獲得宿儺的手指並得知其敗北，為了利用岩神鐘離作為宿儺的容器，藥師兜強行將手指塞入鐘離口中使其被宿儺佔據，並注入柱間細胞強化宿儺/鐘離的力量與能力，隨後兩人達成協議共同征服提瓦特，首先將目標鎖定蒙德。同時不知名的混沌來客又出現於此地，混沌與詛咒結合的災難將由此爆發。

備註：第一章有點寫太長了後面都有縮短篇幅請安心觀看