閻麗夢博士所撰寫的武漢肺炎科學文章,一時間便引起了極大的迴響。1440Please respect copyright.PENANAcCteRLXBXn
本篇文章將嘗試盡量精簡文章各論據,方便大家理解以及分析。1440Please respect copyright.PENANAAynr8wFgyf
1440Please respect copyright.PENANA2LTPCrd8sI
文章將會大致分成兩部份,上半部將會直述閻博士的文章內容,下半部份將會是我對文章的個人理解及分析,歡迎各位巴絲詳細閱覽後一齊留言討論。1440Please respect copyright.PENANATt03pVlC0c
1440Please respect copyright.PENANAsHPAjEYgig
SARS-CoV2,源自武漢,因而被冠上武漢肺炎稱號。1440Please respect copyright.PENANAoPzS5qDqpQ
(圖1)下列將依照基因排組的相似度,列出現時已知的蝙蝠冠狀病毒(穿山甲身上找到的冠狀病毒將不會計算在內)。1440Please respect copyright.PENANA2notU2j6H4
1440Please respect copyright.PENANANs5rGD1Uey1440Please respect copyright.PENANAlgbdyIusHJ
1440Please respect copyright.PENANAID3yds1w4i
1.RaTG13,2013年潼關縣山洞蝙蝠糞便中找到的冠狀病毒,TG解作為潼關的英文(TongGuan)。1440Please respect copyright.PENANAQxGFkUqS7f
它與武肺的基因排組相似度為96.2%,由石正麗教授團隊找出。1440Please respect copyright.PENANAvfnj3xxUd1
1440Please respect copyright.PENANAVGHSlNMZJV
(在武肺發生後,石教授搜索實驗室各種蝙蝠標本,在裡頭找出RaTG13的存在,因而把完整排組公開;1440Please respect copyright.PENANA2gIZBjynNH
RaTG13的部份排組,曾在2015-2016年期間出現在石教授的文獻。)1440Please respect copyright.PENANAf42ZDQuW98
1440Please respect copyright.PENANAsoVy8nyxEY
2.RmYN02,2019年雲南蝙蝠冠狀病毒,與武肺的相似度為93.3%,由石正麗教授團隊找出。1440Please respect copyright.PENANAc6QoDtZU3y
(在武肺發生後,石教授團隊在2020年6月底發表文章指出其存在。)1440Please respect copyright.PENANABloR1htbfB
1440Please respect copyright.PENANAW2YIMK2l7Y
3.ZXC21/ZC45,2018年浙江省舟山市蝙蝠冠狀病毒,與武肺的相似度為89%,由重慶市中國人民解放軍第三軍醫大學軍事實驗室及南京軍區南京總醫院研究所共同合作把病毒分離出來。1440Please respect copyright.PENANA1lbBE76rOs
(早於武肺發生前,2015年7月-2017年2月期間找出,2018年在學術文章正式出現。)1440Please respect copyright.PENANAPgfjTsfREr
1440Please respect copyright.PENANAqU24jiGqKL
1440Please respect copyright.PENANAm9ve4e7sSa
基於RaTG13與武肺的吻合度暫時為最高,現今主流文章一直都引用RaTG13的數據作出分析。1440Please respect copyright.PENANAkJX38oyDZi
1440Please respect copyright.PENANAmJRvdpfjsU
而閻麗夢博士在文章指出,有不少高學術水平質素的文章均對RaTG13抱有疑問,對RaTG13是否真實存在作出質疑。1440Please respect copyright.PENANA9xTHNi6oxf
基於這點,閻博士引用各種文獻,對RaTG13及各種在武肺發生後所找出的冠狀病毒作出質疑(她強調日後會再出一份文章綜合RaTG13的存疑之處),並提倡ZXC21/ZC45是實驗室人工方式製作武肺的「原材料」。1440Please respect copyright.PENANAa9mo7qUVJF
1440Please respect copyright.PENANAZmhRCf0LXe
1440Please respect copyright.PENANA9ZbTRo18Zp
(圖2)為方便帶出閻博士的理論,我從另一文獻(Ref1) 找出此圖,方便論述她的見解。1440Please respect copyright.PENANAeTlqIeKNPu1440Please respect copyright.PENANA88oM13Y10k
她指出在氨基酸(外行人可視之為蛋白質)的排組中,ZXC21/ZC45與武肺有著一定的相似度。1440Please respect copyright.PENANA6KhjC2NS7S
1440Please respect copyright.PENANArRiv0LobiS
例如負責包圍病毒基因的Nucleocaspid (N)蛋白質,(圖中紅框),它與武肺有著94%的相似度。1440Please respect copyright.PENANAI8bjNSchpU
1440Please respect copyright.PENANA2DdjQj0yC2
病毒外圍的Membrane(M)蛋白質,(圖中藍框),則有著98.6%的相似度。1440Please respect copyright.PENANAfqx9kE4V3E
1440Please respect copyright.PENANAFRV9s79NFu
綠框有著潛在影響宿主免疫功能的Orf8(8),94.2%相似度,以及紫框的Envelope(M)高達百分之百的相似度。1440Please respect copyright.PENANAi7luQ0BXfH
1440Please respect copyright.PENANAkkfnAHd0DM
基於各種高相似度之處,她提出了ZXC21/ZC45很有可能是用來製作武肺的重要骨幹,意思即是將ZXC21/ZC45略加改造便能轉化成為武肺。1440Please respect copyright.PENANAzSuYV8bIah
1440Please respect copyright.PENANA4wu37eAU0G
其後,她亦指出武肺與03年SARS有著相近的地方,故此有理由相信ZXC21/ZC45再加上03年SARS某部份的組件並加以改造後,便能夠成為今時今日的武肺。1440Please respect copyright.PENANAILePFoy4lW
(此理據為文中Fig4的重點,但她圖中的數據與內容並不符合,需要讀者以人手的方式推移18位置才能理解及消化,故此我無意轉載在這裡,有心人可自行閱讀。)1440Please respect copyright.PENANAcyfCuA1o0Q
1440Please respect copyright.PENANAMRwd7bpROX
(圖3)為了加強自己論點的說服力,她對武肺和ZC45的Spike Protein基因排組作出對比(Spike Protein為武肺病毒與人體細胞表面接觸的重要手段)。1440Please respect copyright.PENANAFW2TzInC751440Please respect copyright.PENANA5k4xStAaUu
1440Please respect copyright.PENANAk13MaHmbG0
她發現,武肺裡頭存在 Restriction Enzyme EcoRI及BstEII的排組。1440Please respect copyright.PENANApzmfVTOifK
Restriction Enzyme是蛋白質的一種,它的特性是對特定的基因排組進行切割。1440Please respect copyright.PENANA9kQw9hiG2y
1440Please respect copyright.PENANAaNtulggQPe
以EcoRI為例,當它發現 gaa tcc的排序後,它便會將排組斬開兩截。而BstEII見到 ggt tacc排組後,同樣亦會進行切割。1440Please respect copyright.PENANAqcXZ4kykXG
1440Please respect copyright.PENANAN2VEmZev2t
換句話說,如果我們在武肺那段排組中添進EcoRI及BstEII的話,劃下紅線的那段基因排組便會被切割出來。1440Please respect copyright.PENANAkCeg9h01Vs
被切割出來的空位,順其然便能補上另一段排組,再透過蛋白質Ligase將那新一段的排組無縫地聯合在空隙裡頭。1440Please respect copyright.PENANARxSPVHNUKw
1440Please respect copyright.PENANAD75A1IlOTa
無獨有偶,在ZC45的排組中,她發現了類近能夠被EcoRI及BstEII偵測出來的排序。1440Please respect copyright.PENANAc52C4jW4bw
雖然排組上有著細微不同的地方,1440Please respect copyright.PENANAFSM80YvSG1
(EcoRI: 武肺:gaa ttc,ZC45:gaa cac)1440Please respect copyright.PENANA4MOd1hJ0cn
(BstEII:武肺:ggttacc,ZC45:gaatacc)1440Please respect copyright.PENANAxgORcCTAJM
但她認為只要稍為略下功夫的話便能將ZC45的排組轉換成為相應被Restriction Enzyme辨認的排組,方便將ZC45個別排組轉移到武肺排組之用。1440Please respect copyright.PENANA8ja92g2Np7
1440Please respect copyright.PENANA8N9Q4tkgW9
(圖4)她其後亦翻查石正麗教授的文章,發現她兩道文獻裡頭,病毒排組中均出現了以EcoRI為首的武肺排組,因而更有理由相信石教授利用了Restriction enzyme或類近原理的方式把個別基因段落互相在病毒中轉移。1440Please respect copyright.PENANARUzm7hRahh1440Please respect copyright.PENANAxrbIJYOoLk
1440Please respect copyright.PENANAUmRoWK3e2f
(圖5)武肺的其中一個獨特之處,就是擁有一段沒能夠在同類別的冠狀病毒中(包括03年SARS)找到的polybasic cleavage site排組(圖中綠色英文字母),這段排組賦予了武肺另一種入侵細胞的手段,因而能夠避開Chloroquine的阻截。1440Please respect copyright.PENANA2RdtXhOtkJ1440Please respect copyright.PENANAiK8yzI387O
1440Please respect copyright.PENANATRdMUWHZxh
1440Please respect copyright.PENANAsOappjEXlA
這排組並非獨一無二,事實上亦能在其他類別中的病毒找到,而閻博士亦特別指出,石教授在2017年一篇論文中的病毒亦有出現類近的基因排組。1440Please respect copyright.PENANA0xf0ItXXrh
1440Please respect copyright.PENANAaqYBaKK5Hb
(圖6)在這段polybasic cleavage site排組(PRRA)中,閻博士發現了一道異常之處。1440Please respect copyright.PENANAQ4zWWwLgT51440Please respect copyright.PENANAB6QkNhh5MH
1440Please respect copyright.PENANASfoR2Uy9Rf
1440Please respect copyright.PENANAm5goId1R2j
PRRA是蛋白質的代號,而PRRA上面的英文字母則是所對應的基因英文字母排組。1440Please respect copyright.PENANADjJ5nXm2ai
現今的理論是,每三個基因英文字母便能「轉變」成為一個蛋白質,而製造R蛋白質的英文字母組合包括有 cgt , cgc , cga 以及cgg。1440Please respect copyright.PENANA6lh5xahFTT
1440Please respect copyright.PENANAOgCsmf3oHn
對此,閻博士引用學術文章,表示武肺甚少會利用cgg「轉變」成為R蛋白質,大多數的情況下均會用上cgt。1440Please respect copyright.PENANAQ4HFlZ0GaN
而且同時出現cggcgg的重覆排組更是極為「罕有」,有著人工製造的嫌疑。1440Please respect copyright.PENANA6QOb9rpGIH
1440Please respect copyright.PENANAu6zsBROgX8
再加上gcggg是另一隻Restriction Enzyme FauI的辨認排組,閻博士推斷這大有可能是以人工方式加插這段polybasic cleavage site的證據。1440Please respect copyright.PENANAuOm6AKYrMs
1440Please respect copyright.PENANAR7X0LvHj93
1440Please respect copyright.PENANAJDHPYJewhs
總結而言,閻博士基於下列五點,得出武肺大有可能是人工製造的病毒。1440Please respect copyright.PENANAN6HABvyQpu
1440Please respect copyright.PENANAm5PA0mmKVw
1.ZC45/ZC21與武肺排組有著相對高的相似度。1440Please respect copyright.PENANAvhSfU3nftg
1440Please respect copyright.PENANATOIBGz0Tyc
2.武肺與03年SARS的S protein有著一定的相似度。1440Please respect copyright.PENANAgi9QHNIZ3B
1440Please respect copyright.PENANATyQSKBg2Zs
3.武肺的S protein排組有著EcoRI及BstEII的排組,而ZC45亦有非常類近的排組。1440Please respect copyright.PENANA00Gr2XlLxz
1440Please respect copyright.PENANALCgmwYfkoJ
4.武肺Polybasic Cleavage Site有著極為罕有的基因排組及對應的Restriction Enzyme。1440Please respect copyright.PENANAJpWCB3qinA
1440Please respect copyright.PENANA7FZ5uyqeyv
5.大自然間從ZC45跳到武肺的排組近乎是沒有可能/需要極長時間才能發生的事情。1440Please respect copyright.PENANADClj2q59od
1440Please respect copyright.PENANAtdmpKDN7lX
1440Please respect copyright.PENANA7xGFxu6U8g
____________________________1440Please respect copyright.PENANAu6COOXQBTV
1440Please respect copyright.PENANAD25PilUlgd
以下純為我個人的見解及分析。1440Please respect copyright.PENANAyTWPPfNfNV
1440Please respect copyright.PENANAeDhYJalmDg
要徹底反對或指出一方證據的不是,某程度上要用上相應更多的證據才能把對方的理論推番。1440Please respect copyright.PENANALenpOeQu5c
1440Please respect copyright.PENANA9n6P54HAF8
閻博士的思路是單純引用別人的學術文章,再加以幾句修飾便完全漠視了RaTG13及與武肺第二相近的RmYN02存在,這點明顯是有所偏頗,有待她日後所補充的文章才有機會可以確立她的這個論述。1440Please respect copyright.PENANABZSkFLk33p1440Please respect copyright.PENANAs8CgJwUPoT
1440Please respect copyright.PENANAv6q9IOsZgZ
(圖7)另外,她在文中引用了石教授08年的一份文章,暗指她曾利用EcoRI及BstEII的手法轉換基因。1440Please respect copyright.PENANAeIgYjkFDUL
我嘗試在PubMed拿取閻博士所指出的基因排組(藍框),並將整段S protein的基因排組(圖8)對比一下Restriction Enzyme的切割位置。1440Please respect copyright.PENANAtdtN956tmY1440Please respect copyright.PENANAz9SemB4pvh
1440Please respect copyright.PENANAAGd21a5EVp
1440Please respect copyright.PENANAfps62Lv8D8
(圖8)箇中的確發現有不同的Restriction Enzyme Site(這是非常正常的。),但並沒能找出EcoRI及BstEII的對應位置,這一點還有待閻博士解釋,需要再三認證一下她所提出的證據是否能配合所提出的質疑。1440Please respect copyright.PENANA2CA97JwErH
1440Please respect copyright.PENANAvdkL6XjGAt
(圖9)至於人工製作Polybasic Cleavage site這一點,與武肺第二相近的的RmYN02已找出與武肺類近的排組(非100%吻合, PRRA vs P-AA)。1440Please respect copyright.PENANAWfPaIE8WKQ
這是大自然間的蝙蝠冠狀病毒是有著潛在能力可以擁有Polybasic cleavage site的一道跡象,絕非可以輕易漠視及完全地作出否定。1440Please respect copyright.PENANAHlKIWwOvu11440Please respect copyright.PENANAN4997UB9f8
1440Please respect copyright.PENANAQ2DMU803Bh
1440Please respect copyright.PENANAATV5mtona8
無論如何,閻博士的見解亦有其可取及值得參考的地方,但作為直接指控病毒是實驗室製造出來的證據明顯還有一段距離,至少還有待她在文中聲稱將會發佈的另一份針對RaTG13文章才能夠下定論。1440Please respect copyright.PENANAcNM8pQq26c
1440Please respect copyright.PENANAWHcLqEwmjN
Ref1:https://www.cell.com/current-biology/pdf/S0960-9822(20)30662-X.pdf1440Please respect copyright.PENANA9iqCcFS1Kk